O artigo 13 do anteprojeto da Reforma Universitária só considera uma instituição de ensino superior como universidade se, dentre outras exigências, ela oferecer, no mínimo, três cursos de mestrado e um de doutorado, todos reconhecidos e com avaliação positiva do Ministério da Educação. As exceções são as universidades tecnológicas e especializadas, que devem apresentar somente um curso de mestrado e um de doutorado.
Se aprovado, o anteprojeto irá se deparar com um conflito de prioridades existente entre as instituições de ensino públicas e particulares: de acordo com o levantamento feito pelo Censo do Ensino Superior de 2003, 86% dos 1570 programas stricto sensu (de mestrado e doutorado) oferecidos no Brasil pertenciam às públicas, sendo 56% em instituições federais, 30% nas estaduais e 0,2% nas municipais.
Atualmente, com cerca de 2972 cursos de mestrado e doutorado, esse quadro se mantém no país. Entre as particulares, há sessenta e cinco instituições com programas stricto sensu, sendo apenas cinco responsáveis por 40% da oferta do setor. A Estácio de Sá, maior universidade privada do Brasil, possui apenas cursos de pós-graduação lato sensu (MBA e especializações em geral), que têm como objetivo aperfeiçoar conhecimentos técnicos em áreas específicas.
Na Universidade Federal do Rio de Janeiro, o envolvimento da comunidade acadêmica com a pesquisa e a pós-graduação deu-se, sobretudo, a partir da década de 60. Desde então, a instituição tem valorizado e incentivado as atividades voltadas para essas iniciativas. Segundo a avaliação da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Ensino Superior (CAPES), no ano passado, a UFRJ atingiu os conceitos máximos 6 e 7 em vinte e cinco programas de pós-graduação stricto sensu.

Veja abaixo os cursos correspondentes:

Programa de Pós-Graduação	Conceito CAPES 2001	Conceito CAPES 2004
Planejamento Urbano e Regional	5	6
Física	6	7
Geografia	6	6
Química Orgânica	6	6
Biofísica	7	7
Ciências Morfológicas	6	7
Clínica Médica	5	6
Doenças Infecciosas e Parasitárias	5	6
Ecologia	5	6
Fisiologia	5	6
Genética	4	6
Química Biológica	7	7
Historia Social	5	6
Sociologia e Antropologia	6	6
Ciência e Tecnologia de Polímeros	6	6
Engenharia Biomédica	6	6
Engenharia Civil	6	7
Engenharia de Sistemas e Computação	6	6
Engenharia Elétrica	6	7
Engenharia Mecânica	6	6
Engenharia Metalúrgica e de Materiais	7	6
Engenharia Nuclear	6	6
Engenharia Química	7	7
Tec. De Processos Químicos e Bioquímicos	5	6
Antropologia Social	7	7

Em entrevista dada ao Olhar Virtual, o pró-reitor de Pós-Graduação e Pesquisa da UFRJ, professor José Luiz Fontes Monteiro, afirmou ser natural que haja essa diferença de estímulo à pesquisa entre instituições públicas e privadas, uma vez que os cursos stricto sensu não geram retorno financeiro imediato. “A ótica comercial, que prevalece em muitas instituições particulares, exige que seja dessa forma. Elas demandam lucros mais imediatos, portanto os interesses financeiros acabam prevalecendo sobre os científicos, na maioria dos casos. As exceções são, em geral, as instituições confessionais. Mas, mesmo essas, dependem fortemente de recursos públicos para incentivar suas atividades de pesquisa”, disse o pró-reitor. “Já na UFRJ, nossa preocupação é fomentar ao máximo as iniciativas de pesquisa, sendo que agora nossa principal meta é aumentar a qualidade dos cursos que receberam notas menores na avaliação da CAPES, através da distribuição de bolsas, da gestão de recursos e da identificação das dificuldades existentes”.
O pró-reitor também afirmou que o grande entrave ao estímulo à pesquisa é a desproporção entre a demanda de novos cursos e a liberação de verbas para o crescimento do sistema de pós-graduação. “Mais de dois bilhões de reais estão contingenciados (congelados), não sendo disponibilizados a esse tipo de iniciativa”, declarou.
A Comissão Nacional de Avaliação da Educação Superior (CONAES) divulgou recentemente que o Brasil ocupa o sétimo lugar entre as nações do mundo com maior número de instituições de ensino superior privadas. Diante dessa conjuntura, a preocupação com o destino da pesquisa no país é cada vez maior entre as comunidades científicas e acadêmicas, tendo como argumento principal o reconhecimento de sua importância para o desenvolvimento nacional.